Lors d'une visite scolaire dans la Tour de Tokyo, Hikaru, Fuu et Umi, collégiennes de quatorze ans, se retrouvent soudainement dans un monde mystérieux appelé Céphiro. Ce monde de Céphiro, dans lequel tout est déterminé par la volonté, est menacé de destruction. La princesse Émeraude, pilier du monde, a été séquestrée par Zagato, et ne peut plus prier pour la paix de Céphiro. Utilisant sa magie, la princesse Émeraude a donc appelé d'un autre monde trois personnes, qui devront devenir les légendaires Magic Knights et sauver le monde de la destruction en utilisant les Epées d'Escudo de Presea et les pouvoirs des Dieux-Runes ou demo-robot dans le manga, de gigantesques robots géants dotés d'une vie et d'une conscience propres.