L’histoire se déroule 10 ans après la fin de la « Grande Unification » du film précédent, qui a amené les habitants du monde virtuel du Scub Coral dans le monde réel. La population du monde est maintenant divisée entre la Terre verte, les gens du monde du Scub Coral, et la Terre bleue, les gens du monde réel. Leur coexistence est loin d’être pacifique, de nombreux conflits se déroulant en coulisses. Dewey Novak, le chef militaire de la Terre Verte, décide de mener des attaques terroristes pour se protéger. Eureka, détestée par le monde entier en tant que symbole et origine de la division du monde, travaille désormais en tant qu’agent militaire de haut niveau au sein de l’agence d’opérations secrètes de l’ONU, A.C.I.D., luttant toujours pour protéger une paix fragile comme une forme d’expiation.