Vingt-cinq années se sont écoulées depuis qu'Alec Mason a conduit les colonies martiennes vers la liberté. Pourtant, 12 ans plus tôt, les ennemis des colonies sont revenus par vengeance, ont tué sa femme et kidnappé sa fille Lyra. Jake Mason, le dernier fils d'Alec est devenu officier dans la milice Red Faction lorsqu'il découvre que sa sœur est toujours vivante toutes ces années après son enlèvement. Jake décide de partir à sa recherche mais il découvre que sa sœur fait partie des ennemis de Red Faction et qu'elle a juré, en tant que soldat, de les détruire et de conquérir Mars.