SPEC: Close - Reincarnation est la suite directe de SPEC: Close - Incarnation, le film ayant seulement été coupé en deux parties pour des raisons d'exploitation. Le synopsis ci-dessous contient donc des révélations sur la trame du volet précédent. La mort de Nonomura ne sera pas vaine. Grâce à son sacrifice, Toma commence à comprendre le fonctionnement du Simple Plan et découvre la véritable identité du Professeur J. Mais le temps presse, le Japon et même le monde sont sur le point de s'écrouler. Toma va devoir utiliser ses pouvoirs cachés pour tenter de prendre le dessus lors de son face-à-face avec Sekai.