Le sergent Keroro et ses quatre subordonnés sont venus de la planète Keron sur la Terre pour la conquérir. Cependant, sans préavis, ils ont commencé à profiter de la vie sur Terre. Keroro devait rester avec Hitana pour avoir la chance de conquérir la Terre, mais il s'est lié d'amitié avec le fils d'Hinata, Fuyuki. Aujourd'hui, comme d'habitude, Keroro va acheter son modèle en plastique Gundam préféré avec Fuyuki. Sur le chemin du retour, ils trouvent un petit sanctuaire et y entrent. Ils y trouvent un vase qu'ils brisent. Depuis le lendemain, des choses étranges se produisent dans toute la ville et les gens sont pris de panique. Dans le vase, Kiruru, l'ancienne arme ultime de Keron, a été scellée. C'est alors que Mirara, qui détient le secret du Kiruru, apparaît et les informe de la seule méthode pour sauver la Terre. Mais...